1. memberikan dukungan kesehatan secara fleksibel dihadapkan pada kebijakan penugasan operasi terkait dengan pola, waktu, daerah operasi serta macam operasi yang dilaksanakan oleh TNI;
2. memberikan dukungan kesehatan jiwa militer meliputi penyiapan kejiwaan prajurit sebelum diberangkatkan, monitoring perkembangan kejiwaan selama penugasan dan evaluasi kondisi kejiwaan setelah kembali dari penugasan;
3. mengoordinasikan fungsi deteksi, pencegahan dan penatalaksanaan dampak dari senjata biologi dan kimia dengan mengembangkan kemampuan kimia, biologi, radiasi dan di bidang ketahanan hayati (biodefence);
4. menyelenggarakan pemeriksaan kesehatan dalam rangka seleksi calon/anggota TNI untuk penugasan maupun pendidikan secara integratif dengan mengedepankan interoperabilitas dan mengesampingkan ego sektoral, dan pengelolaan logistik terintegrasi;
5. melaksanakan pembinaan administrasi, sarana dan kerja sama profesi kesehatan militer serta mengintegrasikan pelayanan kesehatan untuk mencapai hasil yang paripurna;
6. melaksanakan pembinaan akutansi BMN;
7. melaksanakan pembinaan kesehatan di lingkungan Mabes TNI; dan
8. dalam melaksanakan fungsi-fungsi tersebut Puskes TNI dapat mengerahkan dan mengoordinasikan Kesehatan Angkatan